Онкопрофиль

Что такое исследование Онкопрофиль?

Исследование Онкопрофиль — это анализ генов, наиболее часто вовлеченных в канцерогенез, с помощью метода NGS.

В отличие от исследования Онкофокус, Онкопрофиль включает в себя расширенную панель генов, нарушения в которых обуславливают как «взрослые», так и ювенильные формы рака, а также позволяют определить генетические варианты, ассоциированные с такими наследственными онкологическими синдромами как:

Синдром наследственного рака молочной железы и рака яичников
Синдром Ли-Фраумени
Атаксия телеангиэктазия (Синдром Луи-Бар)
Анемия Фанкони
Синдром Линча
Синдром Пейтца-Егерса
PTEN-ассоциированный синдром гамартомных опухолей (Синдром Коудена)
Нейрофиброматоз I и II типа
Синдром семейных атипичных невусов и меланомы/Синдром диспластического невуса/Меланома-астроцитома синдром
Наследственная ретинобластома
Туберозный склероз (Болезнь Бурневилля)

Панель Онкопрофиль включает 161 ген

полные последовательности генов
SNV/инделы «горячие точки» мутагенеза

нарушения числа копий гена (CNV)
интер и интра хромосомные перестройки (химерные варианты гена)

Для интерпретации результатов исследования Онкопрофиль, определения окончательного диагноза и дальнейшего подбора терапии требуется консультация врача-генетика, врача-онколога химиотерапевта

«Горячие точки» мутагенеза

87 генов

AKT1

AKT2

AKT3

ALK

ARAF

AXL

BRAF

BTK

CBL

CCND1

CDK4

CDK6

CHEK2

CSF1R

CTNNB1

DDR2

EGFR

ERBB2

ERBB3

ERBB4

ERCC2

ESR1

EZH2

FGFR1

FGFR2

FGFR3

FGFR4

FLT3

FOXL2

GATA2

GNA11

GNAQ

GNAS

H3F3A

HIST1H3B

HNF1A

HRAS

IDH1

IDH2

JAK1

JAK2

JAK3

KDR

KIT

KNSTRN

KRAS

MAGOH

MAP2K1

MAP2K2

MAP2K4

MAPK1

MAX

MDM4

MED12

MET

MTOR

MYC

MYCN

MYD88

FE2L2

NRAS

NTRK1

NTRK2

NTRK3

PDGFRA

PDGFRB

PIK3CB

PIK3CA

PPP2R1A

PTPN11

RAC1

RAF1

RET

RHEB

RHOA

ROS1

SF3B1

SMAD4

SMO

SPOP

SRC

STAT3

TERT

TOP1

U2AF1

XPO1

Полная последовательность генов

48 генов

ARID1A

ATM

ATR

ATRX

BAP1

BRCA1

BRCA2

CDK12

CDKN1B

CDKN2A

CDKN2B

CHEK1

CREBBP

FANCA

FANCD2

FANCI

FBXW7

MLH1

MRE11

MSH6

MSH2

NBN

NF1

NF2

NOTCH1

NOTCH2

NOTCH3

PALB2

PIK3R1

PMS2

POLE

PTCH1

PTEN

RAD50

RAD51

RAD51B

RAD51C

RAD51D

RNF43

RB1

SETD2

SLX4

SMARCA4

SMARCB1

STK11

TP53

TSC1

TSC2

Нарушение числа копий гена/CNV

43 генов

AKT1

AKT2

AKT3

ALK

AXL

BRAF

CCND1

CCND2

CCND3

CCNE1

CDK2

CDK4

CDK6

EGFR

ERBB2

ESR1

FGF19

FGF3

FGFR1

FGFR2

FGFR3

FGFR4

FLT3

IGF1R

KIT

KRAS

MDM2

MDM4

MET

MYC

MYCL

MYCN

NTRK1

NTRK2

NTRK3

PDGFRA

PDGFRB

PIK3CB

PIK3CA

PPARG

RICTOR

TERT

Интер и интрахромосомные перестройки/Gene fusions

51 гена

AKT2

ALK

AXL

BRCA1

BRCA2

BRAF

CDKN2A

EGFR

ERBB2

ERBB4

ERG

ESR1

ETV1

ETV4

ETV5

FGFR1

FGFR2

FGFR3

FGR

FLT3

JAK2

KRAS

MDM4

MET

MYB

MYBL1

NF1

NOTCH1

NOTCH4

NRG1

NTRK1

NTRK2

NTRK3

NUTM1

PDGFRA

PDGFRB

PIK3CA

PRKACA

PRKACB

PTEN

PPARG

RAD51B

RAF1

RB1

RELA

RET

ROS1

RSPO2

RSPO3

TERT

Показания для проведения исследования Онкопрофиль

Пациентам с установленным диагнозом онкологического заболевания, а также при подозрении одного из вышеперечисленных наследственных онкологических синдромов:

Молекулярное профилирование опухоли
Выбор терапии
Выявление неблагоприятного прогноза
Мониторинг и коррекция терапии в случае рецидива заболевания
Подтверждение и/или диагностика наследственного онкологического синдрома

3 928 338человек

зарегистрировано с установленным диагнозом злокачественного новообразования в РФ в 2019 году

640 391 случай

выявлен впервые

21,7%

Доля больных со злокачественными новообразованиями, умерших в течение первого года после установления диагноза на 2019 год

В настоящий момент в отечественной онкологии огромное значение уделяется своевременной и точной диагностике опухоли, а также подбору «правильной» персонализированной терапии пациентам с ЗНО. Внедрение таргетных и иммуноонкологических препаратов, требующих молекулярного профилирования опухоли, а также одобрение Минздравом РФ диагностических решений на основе секвенирования следующего поколения (NGS), делает NGS исследования более востребованными в онкологии.

NGS одновременное прочтение

100 млн коротких последовательностей ДНК

все типы мутаций, включая структурные перестройки, что выгодно отличает его от ПЦР анализа и секвенирования по Сэнгеру

Обработка данных NGS

позволяет найти отличия в последовательности ДНК опухоли от референсной геномной последовательности

Выявленные отличия называются вариантами нуклеотидной последовательности или:

Нуклеотидные варианты

герминальными (врожденными — патогенными, или полиморфизмами)
соматическими мутациями, характерными для опухолевого процесса

Как именно работает секвенирование следующего поколения (NGS)?

Метод NGS позволяет осуществить одновременное прочтение сотен миллионов коротких последовательностей ДНК и одновременно обнаружить все типы мутаций, включая

Анализ полной кодирующей последовательности гена

«Горячие точки» мутагенеза (SNV/InDels)

Нарушения числа копий гена (CNV)

Хромосомные перестройки (Gene fusions)

Эти «прочтения» содержат большое количество информации о генетической последовательности. Последующая биоинформатическая обработка данных NGS позволяет найти отличия в последовательности ДНК опухоли от референсной геномной последовательности («золотого стандарта»). Анализ информации полученной в ходе NGS исследования очень трудоемкий и требует использования компьютерных программ и различных биоинформатических алгоритмов.

Огромный список выявленных вариантов затем «интерпретируется» путем сравнения результатов с базами данных, в которых перечислены известные или впервые выявленные варианты, связанные с различными онкологическими заболеваниями. Интерпретация, так же как и выявление последовательности, сложный и трудоемкий этап исследования, поскольку включает в себя работу многих специалистов для определения клинической и терапевтической значимости каждого обнаруженного варианта.